Solid Snake

Le héros légendaire ayant déjà détruit par trois fois des prototypes du Metal Gear à Outher Heaven, à Zanzibar Land et plus récemment sur l'île de Shadow Moses refait son apparition. Il a fondé avec Otacon l'agence Philantropy destinée à informer le monde de la présence du Metal Gear. Il s'infiltre sur la Big Shell peu avant Raiden dont il est l'idole. Il se camoufle sous les traits de l'agent Iroquois Pliskin afin d'aider ce dernier. Enfin, il est son propre chef, et n'est plus obligé de suivre les ordres. Il a retenu la leçon de l'épisode précédent, puisqu'il se bat enfin pour les autres. Il est prodigue de nombreux conseils, malgré les rumeurs. En effet, la rumeur prétend qu'il a mal tourné et qu'il aurait dirigé le groupe appelé "Sons of liberty" qui prend le contrôle de la "Grosse Carcasse". En fait, il s'est fait piéger lors de l'épisode du Tanker et a été photographié par un cypher qui a servi de "preuve" à sa culpabilité. Il couvre sa fuite en laissant derrière lui le corps de Liquid, le faisant passé pour mort.

Hal Emmerich

Ayant reçu des informations comme quoi la Big Shell serait le site de développement du nouveau prototype de Métal Gear, il s'infiltre sur place, avec les équipes des Seals. C'est également lui qui dirige les opération, lorsque Snake s'infiltre sur le Tanker de la marine. Il a totalement changé depuis l'épisode précédent : En effet, il s'est lancé corps et âme dans la lutte anti-Metal Gear, par le biais de l'organisation nommée Philantropy qu'il a monté avec Snake. Dans l'épisode de la Big Shell, il intervient pour secourir nombre d'otages à l'aide d'un hélicoptère : le Kamov, malgré la perte tragique de sa soeur qu'il adorait, et qu'il n'avait pas revu depuis des années. Exit donc, le personnage de MGS qui s'apitoyait sur son sort : il se bat maintenant pour les autres, afin de laisser le meilleur monde possible aux générations futures.

Raiden

A l'image de Solid Snake dans MGS1, il n'est là que pour exécuter les ordres de son supérieur. Il ne remet jamais en cause les décisions et agis comme un "bon petit soldat". Il est manipulé tout le long de son apparition sur la "grosse carcasse", et apparemment aurait subit un lavage de cerveau, tout du moins partiel. Plus jeune, il était enfant-soldat lors d'une révolution civile. Il était l'une des meilleure recrue, surnommé "Jack l'éventreur". Son mentor n'étais alors que Solidus Snake (qui a lui-même tué les parents du jeune Jack) afin de lui permettre de se concentrer sur les combats. Il garde de très mauvais souvenirs de cette période de son existence : Il continue à régulièrement en faire des cauchemars, et son appartement vide reflète le vide que ces souvenirs créent dans son existence. L'un des points particuliers de son caractère est qu'il refuse de faire fasse à son passé qui, dès lors, ne cesse de le torturer. Au fur et à mesure du jeu, il se pose de nombreuses questions sur lui-même et sur ses raisons de se battre, profitant d'ailleurs de l'expérience de Snake en la matière. A la fin, il se bat pour la survie de l'enfant d'Olga ainsi que celle de Rosemary.

Roy Campbell

Malgré ce que pourraient laisser entrevoir les apparences, le colonel ne fait pas partie intégrante de la mission. En fait, celui que l'on croit diriger l'opération sur la "grosse carcasse" n'est en fait qu'une image numérique et une voix synthétique générée par le système GW des patriotes. Aucune opinion, aucun libre arbitre, juste une facette afin de manipuler plus facilement Raiden, à l'image de Liquid se faisant passer pour Miller dans MGS.

Rosemary

Comédienne de grand talent, elle est l'un des nombreux pions des patriotes. Elle a changé toutes ses habitudes, son look, ses goûts, afin de séduire Raiden, qu'elle était chargée de surveiller. Ce qui n'était au début qu'une façade d'affection s'est finalement changée en un amour véritable pour celui dont elle devait épier les moindres faits et gestes. On en sait très peu sur ses motivations, malgré le fait qu'elle porte l'enfant de Raiden. Elle retrouve celui qu'elle aime sur la place de "Fédéral Hall" à la fin de l'aventure.

Emma Emmerich

A l'instar de son demi-frère, c'est un brillant ingénieur. Elle s'est lancée dans le projet de l'Arsenal Gear pour tenter de suivre les traces de son frère. Elle souffre terriblement de son absence, depuis qu'il a quitté le domicile familial, suite à une liaison avec la mère d'Emma qui a conduit au suicide du père d'Otacon. Elle est à l'origine de la création du système de censure GW ainsi que du virus capable de le détruire, pendant informatique de FoxDie. Elle voulait que son frère prenne conscience de son existence, et c'est pour çela qu'elle s'est associée à ce projet. Finalement, elle souhaite qu'il la reconnaisse comme une femme, lorsqu'elle est sur le point de mourir. Elle s'est rendu compte à temps de ce que son envie de vengeance envers Otacon l'avait entraîné sur la mauvaise pente et souhaite réparer ses erreurs avant sa fin tragique. Elle reste quelqu'un de très peureux car, même si son accident dans une piscine peut expliquer sa phobie de l'eau, ses nombreuses peurs, envers les insectes et le vide sont récurrentes. Enfin, elle porte des lunettes malgré son exellente vue, parce qu'elles lui font penser à Hal. C'est une fille également très solitaire, à l'image d'Otacon dans MGS, puisque son seul compagnon semble être son perroquet.

Peter Stillman

L'homme considéré comme LE démineur. Cet expert en explosif a également initié Fatman dans son domaine. Il débarque sur la Big Shell avec l'équipe des Seals, dans le but d'éviter qu'elle n'explose, déversant ainsi les produits chimiques qu'elle est sensée contenir, ce qui provoquerait une catastrophe écologique considérable. Il souhaite également réparer les torts qu'il a dans le domaine des explosions, notamment celle qui a soufflée une église il y a quelques années. De nombreuses personnes ont décédées lors de ce tragique évènement, c'est pourquoi il a simulé la perte de sa jambe. Ainsi, il se sentait moins coupable devant les familles des victimes, alors qu'il n'avait, lui qui n'avait pas réussi à désamorcer la bombe, et ainsi indirectement causé la mort des autres, aucune séquelle de cet épisode. Il donne tout pour contrer Fatman, même lorsque celui-ci le piège et l'achève finalement dans la Big Shell. Sa principale motivation reste de sauver des gens du mieux qu'il peut.

Président James Johnson

Véritable pantin des patriotes, il n'a pu prendre aucune décision de son propre chef depuis son "élection" présumée. Il se révolte en entrant les codes d'accès permettant de déclencher une attaque nucléaire. Il espère ainsi faire plier les patriotes et obtenir un semblant de pouvoir. Mais il se rend compte de son erreur, et des conséquences que ses choix pourraient avoir sur l'ensemble de la population. Il souhaite donc se donner la mort afin d'éviter le lancement, et préfère se sacrifier pour les autres, plutôt que d'avoir le pouvoir dont il avait tellement rêvé.

Richard Ames

Ex-amant de Nastacha Romanenko, Richad Ames est au courant de l'existence des patriotes. C'est un VIP d'une organisation secrète destinée à protéger le président des Etats-unis, mais il est prisonnier des terroristes. Raiden l'identifie grâce à son pacemaker. C'est également le moyen qu'utilise Ocelot pour le liquider. Il a participé à sa manière à l'épisode de Shadow Moses.

Olga Gurlukovich

La fille de Sergeï aime les combats. Comme Snake, elle ne se sent vivante qu'en "trichant avec la mort sur le champ de bataille". Elle se bat contre Snake sur le Tanker, alors qu'elle est enceinte. Lors de l'épisode de la Big Shell, elle a accouché d'un petit garçon, nommé Ivy qui, malheureusement a été enlevé dès sa naissance par les patriotes. Elle n'a jamais pu le serrer dans ses bras et reçoit une photo de lui chaque mois sur le net. Elle est donc aux ordres des patriotes qui la font chanter avec sa vie. Ainsi, pour le sauver, elle trahis sa propre unité (sa seule raison de vivre durant des années). Elle n'apprend qu'Ocelot a exécuté son père que sur la Big Shell, après un affrontement contre Snake. La vie de son fils est dépendante des signaux vitaux de Raiden : S'il meurt, alors son fils succombe avec lui. C'est pourquoi elle est forcée, sous les traits du ninja, de le protéger, afin d'éviter ce funeste destin à son enfant, même si elle paye ce but de sa vie.

Sergeï Gurlukovich

Après avoir tenté de récupérer le Rex dans MGS1, cet ancien colonel du Spetznaz souhaite maintenant faire main basse sur le nouveau Ray, développé par les marines. Il s'infiltre avec ses hommes sur le tanker, mais finit par être trahis par Ocelot qui l'abat comme un chien. Son seul but semble être le pouvoir. Il semble néanmoins préoccupé par la santé de sa fille Olga qui porte en elle son petit-fils, lors de l'épisode du tanker.

Adam Shalashaska

Sûrement la seule personne à travailler activement dans le camp des patriotes de sa propre volonté. Cet ancien spetnaz qui s'était échappé de l'île de Shadow Moses a toujours été dans le camp des Patriotes. Il a même doublé Solidus qui croyait pourtant être son allié. Il ment à tout le monde, et use abondement des différents gadgets développés par ses maîtres. On peut se demander ce que ces derniers lui ont fait miroiter afin qu'il entre à leur service. Le bras de Liquid Snake, prélevé sur son cadavre, lui a été greffé pour on ne sait quelle obscure raison...

Liquid Snake

Celui qui est considéré comme l'un des ennemis les plus charismatiques de l'histoire se manifeste lors de brèves apparitions dans le scénario. "Dormant" dans le bras d'Ocelot, le second des "fils" de big boss se réveille lors de la réunion de famille sur le dos de l'Arsenal Gear. Il nous explique alors que c'est lui qui a contacté Otacon, afin de faire venir Snake sur la Big Shell. En effet Snake est la seule personne capable de réveiller Liquid dans le bras d'Ocelot. Il finit par s'enfuir aux commandes du prototype du MG Ray à la fin de l'aventure.

Solidus Snake

Le 3ème des "fils de Big Boss" n'est pas le personnage le plus en reste, niveau ambiguïté. Ancien président des Etats-Unis, connus sous le nom de Georges Sears, son mandat à la maison blanche lui a laissé un amer souvenir d'être traité comme une marionnette. C'est pourquoi il tente d'outrepasser les ordres des patriotes, en montant secrètement un nouveau prototype de Métal Gear à Shadow Moses. Mis en disgrâce après que son plan tombe à l'eau à cause de l'intervention de Solid Snake, il a réussi à fuir avant d'être exécuté par les patriotes. Il souhaite laisser sa place dans l'histoire, et c'est pour faire chanter l'organisation secrète de la maison blanche qu'il tente de s'emparer du Metal Gear. Ainsi, il aurait pu brouiller le système de censure numérique, et les empêcher d'agir. Malheureusement pour lui, ce fin manipulateur a lui aussi été manipulé tout le temps, par ceux qu'il croyait berner.

Vamp

Ce mercenaire roumain est plus que surprenant : Il se déplace à une vitesse hallucinante (assez vite pour courir sur l'eau), il jongle avec les couteaux comme personne, et semble avoir plusieurs vies, tellement il est difficile de l'abattre. Ce membre de la Dead Cell semble très attaché à Héléna Dolph Jackson, qu'il appelle d'ailleurs " Reine " à de nombreuses reprises. Quelque peu attiré par le sang humain, son obscession principale semble être le meurtre. Il a été recruté par Solidus pour le "sale boulot".

Fatman

Le plastiqueur fou de la Dead Cell est ici pour se faire une place dans l'Histoire. Quelque peu mégalomane, il souhaite faire de la Big Shell le sommet de son "art" en la faisant exploser. Il était venu à la base pour défier à nouveau son mentor (Peter Stillmann), et l'ayant tué, il souhaite maintenant être reconnu comme "meilleur plastiqueur", même s'il doit mourir avec son "chef d'oeuvre". Un vrai malade ... Il est responsable de l'explosion d'une église ayant tué de nombreuses personnes il y a quelques années.

Helenna Dolph Jackson

Fille du marine Scott Dolph, et femme de Jackson, elle fait partie de l'unité intitulé la Dead Cell. Celle que l'on surnomme "Fortune", en raison de sa "chance" inexpliquée au combat s'implique dans le but de récupérer l'Arsenal Gear. Le fait que les balles dévient devant elle n'est pas dû à sa bonne étoile, mais vient d'un gadget mis au point par les patriotes. De plus, elle possède un fusil énergétique d'une puissance incroyable. Elle souhaite s'emparer de l'Arsenal Gear afin de se faire entendre.

Scott Dolph

Cet officier de la marine a en charge le transport du tout nouveau prototype de Métal Gear : Le Métal Gear Ray. Ce robot a été secrètement mis au point par la marine, afin de contrer les autres Métal Gear. Il n'apparaît que pour se faire abattre par Ocelot, et pour attiser la rancune de sa fille. Son but était tout simplement patriotique, puisqu'il ne souhaitait qu'accomplir sa mission pour le compte de l'armée en livrant le nouveau tank.