L’histoire se passe sur une petite île de l’archipel Fox en Alaska, nommée « Shadow Moses », en 2005. Un groupe de six mercenaires prend d’assaut cette île qui n’est censé n’être qu’un centre de recyclage de déchets nucléaires. Ce groupe prétend pouvoir lancer une attaque nucléaire, et réclame 1 Milliard de dollars, un mystérieux vaccin et les restes d’un soldat nommé « Big Boss ». Le joueur prend en charge le rôle de Solid Snake, ex-agent de Fox Hound, le groupe de mercenaire qui a pris le complexe en otage, désigné comme le meilleur élément de cette unité d’élite, il se voit forcé par son ami, le colonel Campbell, de reprendre, malgré leurs retraites respectives, du service. Son objectif est d’infiltrer la base pour sauver deux otages, se rendre compte sur place si les terroristes ont la capacité d’effectuer un tir nucléaire, et, le cas échéant, de les en empêcher. Il apparaît très vite que le site n’est pas qu’un simple centre de recyclage, mais une base secrète pour la mise au point d’un prototype de tank mobile capable de lancer une attaque nucléaire appelé « Métal Gear ». Ce type de tank a la particularité d’être doté de deux jambes articulées, lui permettant de se déplacer n’importe où. Ce prototype, nommé Rex, n’est en fait que la nouvelle version de ce tank qui a déjà été conçu à deux reprises de par le passé, à Outher Heaven et Zanzibar, et où, à chaque fois, Solid Snake (ou Snake) a été envoyé, et a remplit avec brio sa mission.