Sept ans après l'incident d'Outer Heaven, le légendaire Solid Snake est rappelé sur le terrain par Roy Campbell, ancien commandant de Fox-Hound et aujourd'hui ami de notre héros alors qu'ils avaient tous deux prit leur retraite. La mission est de récupérer un avion cargo prit d'assaut par des terroristes sur les terres d'Afrique centrale (Gindra) et supposé contenir des armes nucléaires ainsi qu'un nouveau type de Metal Gear développé par les Américains à partir des plans récupérés à Outer Heaven. Sur place les choses s'annoncent difficiles : la Forteresse Galuade (dans les montagnes) est extrêmement bien gardée notamment par un groupuscule terroriste nommé Black Chamber et dont les membres sont par mis les pires meurtriers au monde. Leurs noms : Black Arts Viper, le leader des mercenaires; Marionette Owl, expert assassin et maître des combats nocturnes; Pyro Bison pratique les joies de la grillade avec son lance flemmes; Slasher Hawk et son boomerang géant ainsi que Sophie qui sait piloter un hélicoptère. Derrière tout ça se cache le chef du front de libération de Ginda, le Général Augustine Eguabon, qui demande l'indépendance de sa région et force le repli des troupes de paix des Nations Unies en menaçant le monde d'une attaque nucléaire. Mais le gouvernement Américain n'est pas prêt à faire de concession ce qui a motivé l'envoi de la Delta Force. Mais peu à peu le voile du mensonge se découvre et la vérité remonte à la surface : James Harks, chef du développement du nouveau Metal Gear (un adolescent) est tenu prisonnier. La forteresse était en réalité sous le contrôle de l'armée Américaine avant d'avoir été prise d'assaut. Le développement du Metal Gear s'était donc effectué sur place par Jimmy mais surtout, la forteresse Galuade se révèle être l'ancienne place d'Outer Heaven. Steve Gardner, commandant à la défense des Etats-Unis contrôle toute l'opération et a fait appel à Campbell uniquement dans le but de faire coopérer Solid Snake. La légende serait donc le seul moyen de réparer toutes les erreurs commises et éviter un drame diplomatique. Ajouté à cela, des soupçons sur Chris, une membre de la Delta Force qui devait conduire Snake au Metal Gear, naissent quant à sa qualité d'espionne ! Rebondissement ? Non… manipulation. La pauvre fille s'est faite enlever mais notre héros ira la sauver et peut être plus encore…