2045, 31 ans après la mort de Big Boss, entraînant du même coup celle des Patriotes, le libre arbitre est revenu, du moins pour les Etats-Unis. A cet instant ci, prenant la mesure des risques qu’encourrait le monde à revoir une telle organisation se recréer ou, l’impensable, revoir les patriotes renaître, les USA créèrent une élite, des hommes et des femmes aux caractéristiques hors normes, conditionnés depuis leur naissance à combattre, d’abord en RV puis arrivés à l’âge adulte sur le terrain. Leur mission : détruire toute menace liée à Metal Gear, et ses variantes. En effet, les plans d’Arsenal Gear, la technologie, les armes, le contrôle de l’homme, le plan S3, tant de fléaux mis à portée de mains de n’importe quelle puissance quelque peu fortunée. La paix dans le monde ne pouvait, avec tout cela, régner. Cependant l’élite américaine, nommée « Freedom Hunters », désamorça nombre de crises, empêcha le monde de sombrer dans sa propre destruction et arriva à maintenir l’équilibre, très instable que le nouveau président américain avait réussi à mettre en place après la béance laissé par la subite disparition des Patriotes.
Cependant, le 12 août, le groupe « Freedom Hunters » ne répond plus, il quitte son rang au sein de l’armée américaine pour devenir un groupe armé menaçant le monde tout entier, reniant ainsi leur raison d’être et leurs convictions. Ils prennent place en Amérique du sud, entre la Colombie et le Venezuela.
Pour palier à cette crise, un agent spécial est envoyé sur place. Sa mission est de recueillir des informations sur l’armement du groupe, l’étendue de ses troupes et de sauver une jeune ingénieure.
Le 15 août cet agent infiltre la forêt amazonienne et entame sa mission. Son nom de code est : « Lady ». Elle réussit à s’infiltrer, mais finit par se retrouver nez à nez avec un membre de « Freedom Hunters », un dénommé « King » qui la bat, et l’envoie dans une cellule avant de l’interroger.
L’histoire débute au moment où « Lady » se réveille dans une cellule.
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